Согласно мифологическим преданиям, на соседнем живописном островке Бигге родился великий бог Осирис. Это место было отмечено потайным святилищем в сокровенной роще. Здесь не могли появляться обыватели. Лишь посвящённые жрецы прибывали сюда на лодках. Они проводили ежегодные ритуалы, для которых использовались триста шестьдесят столов, указывавших на место погребения Осириса.

На острове Филе некогда жила сестра и жена Осириса, Исида. В отдельные дни она приплывала в обитель благородного мужа на священной ладье. Когда воинственный бог Сет рассёк тело Осириса на четырнадцать частей и рассеял их по всей египетской земле, воплощённая любовь Исида бережно собрала их и воскресила супруга. Благодарные люди выстроили в память этого события великолепный храм, к которому совершались паломничества. Прекрасное культовое сооружение пользовалось огромной популярностью во времена Александра Македонского и римской империи. Издревле Исида почиталась как богиня плодородия, чародейства, супружеской верности и материнства. Она также покровительствовала мореплавателям.

Основные храмовые строения были воздвигнуты строились в течение шести столетий. К ним относятся павильон правителя Нектанеба с колоннами, украшенными изображениями богини Хатхор в образе коровы и капителями в виде цветов лотоса; ворота императора Адриана; храм Хатхор; портик Траяна; небольшое святилище Исиды и её сына Гарпократа, окружённое изящной колоннадой и дополненное двумя гранитными изваяниями львов. Здесь можно обнаружить иероглифические надписи поздних времён. Перед храмом Исиды, сооруженным в 350 г. до н.э., расположена длинная площадь. Первый пилон отмечен изображениями властителя Птолемея XII.

Замечательные рельефные «картины» были повреждены из-за периодических наводнений. После создания первой асуанской плотины вода практически затопила остров. На поверхности остались лишь верхние части пилонов. Вторая плотина Садд эль Али (Асуанская) могла полностью уничтожить Филе, поэтому все исторические религиозные постройки были перенесены на расположенный неподалёку, более высокий, остров Агилкию. Это произошло в 1972 – 1980-х годах. Два раза в день на острове Филе происходит яркое театральное действо, позволяющее узнать об истории и древнем величии местных храмов.