Как только Церковь Египта стала автокефальной (получила самостоятельность), возник конфликт, приведший в результате к гражданской войне. Александрия быстро набирала вес среди христианских центров мира. Здесь же и произошел первый в истории человечества раскол церкви, между арианами (по имени священника Ариуса или Ария) и ортодоксальным священником (православная сторона, архибискуп Александрии). Несогласие вылилось в длительный конфликт, вспышки которого активизировались на протяжении всего четвертого столетия новой эры. В ходе одной из кампаний могущественный замок Серапис (заповедник язычества) был разрушен. Противника ариан отца Афанасия высылали из Александрии и восстанавливали в должности несколько раз.

Не только арианство, но также и другие направления, названные еретическими, пользовались успехом в Египте. Среди них были гностицизм и манихейство (дословно «борьба добра и зла»). Распространялись такие течения, как монашеские организации (Отцы Пустыни), проповедовавшие отречение от имущества и жизнь в пустыне. Популярность монашества вынуждало римские органы власти ограничивать число желающих стать монахами. Египет экспортировал монахов на весь мир в то время.

Чтобы сохранить правильное произношение магических слов древности, которые, по заверению сторонников, невозможно было передать греческими письменами, возник коптский язык. Священные тексты писали и произносили, они именовались как Греческий Магический Папирус. Этот язык сохранился до наших дней, его используют в литургии христиане Египта.