Официальной целью французской экспедиции в Египет было восстановление авторитета Высокой Порты и свержение мамлюкского правительства. В пропагандистской прессе появились сообщения о том, что Бонапарт почитает пророка Мухаммеда, исламского бога Аллаха и Коран, больше чем мамлюки. Наполеон всячески декларировал дружественные намерения Франции по отношению к Порте. Он уверял, что над освобождёнными городами и селениями будут развеваться два флага – французский и османский.

После знаменитой Битвы у пирамид, в ходе которой были рассеяны объёдинённые армии Мюрад Бея и Ибрагим Бея, простой народ разграбил дома беев и других представителей знати. Аль-Азхар послал к Бонапарту депутацию для подтверждения его благих намерений и установления взаимопонимания. В Каире был учреждён городской совет, в состав которого вошли шейхи, мамлюки и французы. Вскоре к ним присоединились делегаты из Александрии и других важнейших городов. Однако этот совет занимался лишь регистрацией постановлений французского командования, которое приобрело диктаторские полномочия.

Уничтожение французского флота в нильской битве и поражение французских сил в Верхнем Египте ( где был достигнут первый порог) подорвали веру египтян в неуязвимость европейской армии. Введение подобного сбора явилось дополнительной причиной для мятежа. Он начался 22 октября 1798 г. в Каире. Центр управления военными действиями находился в Азхаре. В ходе восстания был убит французский генерал Дюпюи, который занимал должность губернатора Каира. Жёсткие меры, предпринятые Бонапартом, а также прибытие из Александрии генерала Жан-Батиста Клебера привели к быстрому подавлению мятежа. Французы нанесли страшное оскорбление мусульманам, разместив конюшню своей кавалерии в мечети Азхара.

После этого события был распущен муниципальный совет, но 25 декабря были восстановлены Большой и Малый диваны, организованные турками. Специальный диван из 14 человек должен был собираться ежедневно.

В январе 1799 г. Наполеон отправился в сирийскую экспедицию, назначив губернаторов Каира, Александрии и Верхнего Египта на время своего отсутствия. В начале июня он вернулся из этого неудачного похода. Но к этому времени усилилась оппозиция во главе с Мюрад Беем и Ибрагим Беем, которые планировали военную акцию в Каире. Но Наполеон расстроил их планы. В битве при Абукире он нанёс сокрушительное поражение турецкой армии при помощи британского флота под командованием сэра Сидни Смита.

Вскоре Наполеон покинул Египет, сделав наместником Клебера. После отъезда Бонапарта Порта послала двойной отряд (из Дамьетты и Дамаска) для возвращения Египта. В 1800 г. французы были обязаны покинуть Египет. Последовали военные конфликты, в результате которых Клебер сделал Мюрад Бея губернатором Верхнего Египта.