В начале мусульманских завоевательных походов в Египет эта страна находилась в составе Византийской Империи со столицей в Константинополе. Однако были еще свежи следы Империи Персов (616 - 629 гг. н/э).

Большинство империй, веками навязывавших Египту свою гегемонию, были религиозно чуждыми местному населению. Так, Византия со своей православной доктриной, где утверждалось о единстве Христа в двух ипостасях, плоти и божественном проявлении, была единой в общехристианском аспекте, однако существовало множество «подводных течений». Например, возобновившее свое доминирование на египетской земле, православное духовенство преследовало православно же ориентированных коптов (коптский язык был письменным выражением греческими буквами египетских священных текстов, представлявших собой нечто среднее между православием и древнеегипетские культы).

В страну, раздираемую иностранной элитой и религиозными гонениями, направился отряд из 4 000 «солдат Ислама» под руководством Амра ибн аль-Аса. Его послал Калиф Умар с целью распространения исламской религии на земли древних фараонов. Арабы держали путь в Египет через Палестину, и в декабре 639 года вторглись в дельту Нила. Гарнизоны Византии скрылись в стенах крепостей и городов, где инфраструктура позволяла удерживаться длительное время (например, Вавилонская крепость). Арабы не успокоились, послав за подкреплением, которое прибыло через год в лице еще 5 тысяч воинов. Битва при Гелиополисе была проиграна неверными. Дальше дорога джихада на Александрию, однако обошлось мирным договором 641 года, подписанным 8 ноября. Фивы сдались без боя.

Легкость, с которой довольно значимая колония Византийской Империи поддалась врагу, вызвала негодование центральной власти. Цирус - верховный руководитель Египта – со всей свитой были обвинены в сговоре с арабами. А Патриарх Александрийский обвинил местные церковные органы потакании коптской ереси и мусульманам.

В 645 году была предпринята попытка вернуть Александрию в состав Византии, однако через год Арм опять завладел городом. Войска Константина II потерпели поражение от мусульман. С тех пор значительных попыток завладеть территорией Египта Византия не предпринимала.

Исламским завоевателям помогали копты, так как в религиозном плане те были значительно более терпимыми, чем православные братья. Многие египтяне из числа различных конфессий приняли ислам. Взамен уплаты контрибуций в форме денег либо продовольствия египетских христиан освобождали от военных обязанностей и предоставляли полную свободу действий. Можно было исповедовать свою религию и заниматься привычным делом. Недовольные арабским руководством поспешили в Византию.

После прекращения переговоров выплаты арабским завоевателям настолько возросли, что уже были неоплачиваемыми, особенно во время правления Умайяд. С другой стороны, что касается общих черт режима мусульманского управления, в годы жизни Амра население Египта и церкви оставались в безопасности. Об этом сообщают многочисленные письменные источники, они сводятся на видении политики мусульман как довольно жесткой.

Арабский халифат контролировал территорию Египта еще несколько веков, до 1517 года, когда страна вошла в состав Оттоманской Империи.