В 1517 г. Египет был покорён Оттоманской империей. Однако осуществлять контроль над этой провинцией было непросто. Страна была разделена на несколько полуавтономных мамлюкских княжеств. Это продолжалось до 1798 года, когда Египет завоевала французская армия. В начале XIX в. начались волнения. Турки-османы отказались представлять интересы французов. К тому же в 1801 г. в Египте появились британские войска, которые вынудили французский контингент покинуть пределы страны. В 1803 г. англичане также оставили древнюю землю. Возобновились столкновения между мамлюками и турками. Противоречия между албанцами и турками завершилось переходом власти к Мухаммеду Али, который уничтожил мамлюкскую оппозицию и правил Египтом до 1848. В 1882 г. страна становится британским протекторатом.

После установления власти над Египтом, оттоманский султан Селим I покинул страну, назначив своим наместником Хаир Бея, который получил в распоряжение войско из 5 000 янычаров. Страна перестала быть провинцией и превратилась в вассальное государство империи. С этого времени началась постоянная борьба за власть между мамлюками и представителями оттоманского султана. Значительная часть территории стала феодальным владением мамлюков. Эмиры разделили Египет на 12 административных районов-санджаков.

Следующий султан Сулейман I создал двухпалатный Великий диван и Малый диван, который представлял интересы военных и духовных лиц. Для охраны порядка завоеватель Селим сформировал шесть полков, Сулейман добавил к ним седьмой, черкесский. В 1527 г. египетские земли были разделены на 4 категории: домен правителя, феоды, участки, пожалованные за военную службу и владения религиозных организаций.

Третий властитель, Ахмад Паша, был родом из Константинополя. Он хотел быть независимым правителем и даже выпустил монеты с собственным именем. Но его планы были нарушены двумя эмирами, которые заключили Ахмад Пашу в темницу. Султана не спасло даже бегство из-под стражи. Противники убили его во время купания в ванне.

Бесконечные перемены в правительстве привели к выступлениям военных. К началу XVII в. мятежи становятся привычным явлением. В 1604 г. солдатами был убит султан Ибрагим Паша. В 1609 г. вспыхнула гражданская война между армией и пашой, на стороне которого выступали несколько полков и бедуины. Мятежники были побеждены Мухаммед Пашой, который в 1610 г. казнил зачинщиков, а остальных сослал в Йемен.

В 1623 1643 гг. происходили столкновения между местной властью и метрополией. Египетская администрация не соглашалась с кандидатурами назначенных правителей и выдвигала своих представителей, что приводило к частым военным конфликтам.

В XVIII в. должность паши была устранена мамлюкскими беями.

В 1798 г. в Египте появился Наполеон Бонапарт.